Pariwisata unggulan yang ada di Maluku mayoritas merupakan wisata bahari. Pariwisata bahari di Maluku terbagi di beberapa pulau yang berada di Maluku.
1. Pulau Seram. Salah satu gugusan pulau di Provinsi Maluku ini menyimpan sebuah destinasi wisata yang disebut Pantai Ora. Pantai Ora sudah cukup terkenal di kalangan para traveler, karena menjanjikan pengalaman wisata bawah air yang indah serta pengalaman merasakan penginapan yang berada di atas air di Ora Beach Resort.
Akses menuju ke pulau Seram dari kota Ambon dapat ditempuh melalui jalur laut dengan kapal ferry. Selain Pantai Ora, Pulau Seram juga memiliki beberapa atraksi lain yaitu Pulau Sawai, Pulau Raja, Pulau Kelelawar, Pulau Tujuh, Pulau Tengah, dan Pulau Sapalewa, serta terdapat Mata Air Belanda, Gua Bawah Laut, Tebing Batu, serta Taman Nasional Manusela
2. Pulau Banda, salah satu gugusan pulau di Maluku yang memiliki tingkat historis yang cukup tinggi di sejarah Nusantara, sebagai pelabuhan awal masuknya Belanda dalam berburu rempah-rempah di Nusantara. Akses menuju Pulau Banda dapat ditempuh dari kota Ambon menggunakan pesawat perintis dengan Maskapai Susi Air.
Beberapa atraksi yang terdapat di Pulau Banda antara lain menuju ke Banda Naira, yang memiliki wisata sejarah seperti Gunung Api Banda, Benteng Belgica, Benteng Nassau, dan Gereja Tua Hollandsche Kerk. terdapat beberapa pulau kecil yang berada di sekitar pulau Banda yaitu pulau Hatta, pulau Rhun, pulau Ai, dan pulau Pisang. dan untuk wisata bawah laut, terdapat spot diving di Lava Flow dan Dermaga Banda Naira.
3. Kepulauan Kei, berada cukup jauh dari kota Ambon, akses menuju Kepulauan Kei dapat ditempuh menggunakan pesawat menuju ke bandara Karel Sadsuitubun di Langgur. di Kepulauan Kei, terdapat beberapa atraksi wisata seperti Pantai Panjang atau Ngurbloat di desa Ngilngof yang terkenal memiliki pasir putih paling halus di Nusantara. Terdapat juga pantai Ngurtafur yang terkenal dengan pasir timbul, Gua Hawang untuk wisatawan yang mengincar pengalaman berenang di dalam gua, Bukit Doa Masbait yang merupakan bukit di titik tertinggi pulau Kei Kecil, dan Pulau Baer dan Pulau Adranan yang menjanjikan atraksi wisata bahari.
Di Kepulauan Kei, terdapat event tahunan Festival Seni Budaya bernama Festival Pesona Meti Kei.
4. Pulau Ambon, sebagai pulau di mana kota Ambon berada, juga menawarkan titik pariwisata yang menarik untuk wisatawan. Wisata Sejarah di pulau Ambon, antara lain: Benteng Victoria, Gong Perdamaian, Monumen Pattimura, Monumen Christina M. Tiahahu, Benteng Amsterdam, dan Masjid Tua Wapauwe yang menyimpan beragam cerita yang melatarbelakangi destinasi tersebut menjadi titik wisata sejarah. Terdapat beberapa titik wisata bahari di Ambon, antara lain: Pantai Naku, Pantai Santai, Pantai Hukurila, Pantai Namalatu, Pantai Pintu Kota, Pantai Natsepa, Pantai Liang, Pantai Lubang Buaya Morela, Pantai Pulau Tiga, Pulau Pombo, Pantai Lawena yang menawarkan keindahan pemandangan laut. Bagi wisatawan yang mengincar atraksi tambahan, beberapa event yang secara rutin dilaksanakan di Ambon antara lain: Festival Ina Ata, Festival Musik Jalur Rempah, Atraksi Pukul Sapu, Festival Duta Bahari Indonesia, Festival Pamahanusa, Festival Teluk Ambon, Festival Yacht, Tour de Moluccas, dan Cuci Negeri Soya.
5. Gunung Binaiya (Taman Wisata Manusela). Gunung Binaiya merupakan satu dari tujuh puncak (Seven Summits) Indonesia. Gunung ini terletak di kawasan Taman Nasional Manusela, Pulau Seram, Provinsi Maluku. Ketinggian gunung ini mencapai 3.055mdpl, namun sayangnya pendaki hanya diperkenankan hanya mencapai ketinggian 3.027mdp saja dengan alasan konservasi di puncak tertingginya, hal itu berlaku sejak tahun 1993. Binaiya menjadi gunung favorit para pendaki Indonesia beberapa tahun belakangan. Itu dikarenakan gunung-gunung di Pulau Jawa sudah mulai sangat ramai. Untuk orang-orang yang berasal dari luar Maluku, start perjalanan dimulai dari Kota Ambon, baik dari pelabuhan maupun dari bandara. Perjalanan dilanjutkan menuju Kota Tulehu untuk menyebrang ke Pulau Seram. Akses yang lebih susah ketika sudah berada di Masohi, kota utama di Pulau Seram, karena untuk menuju Desa Pilliana, desa terakhir sebelum pendakian di Gunung Binaiya harus menggunakan carter mobil dengan melewati medan yang berat.