Misi Organisasi Departemen Kebijakan Sistem Pembayaran yaitu memberikan rekomendasi Kebijakan Sistem Pembayaran dan Pengelolaan Uang Rupiah, ekonomi dan keuangan digital, Financial Market Infrastructure, elektronifikasi dan Kegiatan Layanan Uang dalam rangka mendukung stabilitas moneter, stabilitas sistem keuangan, serta pengembangan ekonomi keuangan digital.