Fitur keamanan QRIS Antarnegara merupakan salah satu aspek yang dilakukan asesmen pada saat uji coba. Setelah proses uji coba, penyelenggara harus memenuhi aspek kesiapan operasional, keamanan dan keandalan sistem, penerapan manajemen risiko, serta perlindungan konsumen sebelum memperoleh persetujuan Bank Indonesia untuk menjadi penyelenggara QRIS Antarnegara. Untuk itu, aplikasi PJP harus memiliki fitur keamanan untuk membantu mendeteksi dan mencegah fraud transaksi.
Pengguna QRIS Antarnegara, termasuk merchant, perlu memahami fitur penggunaan QRIS Antarnegara sehingga aman dalam bertransaksi, antara lain pengguna harus memastikan QRIS yang dipindai sesuai dengan nama merchant dimana transaksi dilakukan, pengecekan notifikasi transaksi pada aplikasi setelah transaksi pembayaran dilakukan baik oleh konsumen maupun merchant. Jika konsumen mencurigai adanya penipuan atau permasalahan dalam melakukan transaksi, dihimbau segera menghubungi PJP terkait.