Yoga Affandi lahir di Kota Bogor pada 1 Februari 1972. Menyelesaikan pendidikan sarjana di Institut Teknologi Bandung pada bidang Teknik Industri pada tahun 1995. Yoga kemudian melanjutkan pendidikan magister di The London School of Economics dengan konsentrasi Economics dan lulus pada tahun 2002. Ia juga meraih gelar doktor di University of Cambridge pada bidang Economics pada tahun 2007.

Memulai kariernya di Bank Indonesia sejak 1 April 1998, saat ini Yoga menjabat sebagai Kepala Departemen Internasional sejak 31 Januari 2025.

Sebelumnya, Yoga menjabat sebagai Kepala Departemen Institut BI (2022–2025), Kepala Grup Perumusan Kebijakan (2020–2022), serta Kepala Grup Pengembangan Pasar Keuangan (2019–2020).